История доменов: Проверить историю домена Whois History с момента регистрации и другие данные о домене

Поскольку Интернет часто оставляет после себя следы, довольно легко проследить историю доменного имени, которое вы выбрали, поскольку за ним могла стоять неприятная история.

Возможно, у него есть собственная плохая история вредоносных действий или запрещенного контента, и, возможно, он даже передавался от разных владельцев, прежде чем оказаться на вашем столе. Чтобы зарегистрировать новые домены по самой низкой цене, воспользуйтесь проверкой доменных имен, чтобы узнать о доступности и купить их сегодня!

Интернет сделал возможным просмотр истории любого доменного имени , чтобы вы могли знать, какую часть работы вам нужно очистить, если вы собираетесь получить доменное имя.Есть несколько инструментов для проверки истории домена, и здесь я расскажу о самых лучших и простых способах проверки истории домена.

Итак, здесь я покажу вам, как проверить историю домена в Интернете перед покупкой или регистрацией любого домена.

Во-первых, вам нужно иметь представление о том, что на самом деле представляет собой история домена. В большинстве случаев люди выбирают старое существующее доменное имя вместо нового, у которого вообще нет истории.

Аргумент в пользу выбора домена с истекшим сроком действия или устаревшего домена заключается в том, что покупка старого домена более выгодна для поисковой оптимизации, поскольку он обычно занимает более высокие позиции в Google.

Таким образом, такие старые домены прошли некоторое использование, что означает, что они использовались кем-то другим ранее.

История доменов Whois позволяет вам получить доступ к историческим записям о любом домене.

В этом руководстве мы будем использовать DomainTools, чтобы показать вам, как отслеживать историю любого домена.

Записи миллионов доменов хранятся в базе данных DomainTools и доступны подписчикам.

DomainTools — это услуга премиум-класса, которая очень полезна для каждого разработчика или реселлера доменных имен. Инструмент предоставляет исчерпывающую информацию о доменах с практическими рекомендациями по исследованию, планированию, покупке, созданию и брендингу доменных имен.

DomainTools Iris — это объединение крупнейшего в мире хранилища доменных данных с инструментами запросов, которые дополняют и улучшают естественные рабочие процессы для расследований.

Ключевые концепции и метафоры в Iris разбиты на Поиск, Расследование, Панель данных, Поворот и Меню операций. И вы можете просто щелкнуть правой кнопкой мыши эти точки данных, чтобы вызвать любое меню операций с параметрами для продвижения расследования — либо для выполнения сводки, либо для включения фильтра, либо для просмотра дополнительных сведений.

DomainTools Iris состоит из четырех основных разделов: 1. Панель поиска и фильтров , 2.История поиска , 3. Панель навигации и 4. Панели данных .

Чтобы ввести запросы к инструменту, используйте поле поиска, где условия поиска перечислены в виде фильтров в зеленых полях в верхней части экрана, и вы можете изменить любой запрос, щелкнув x в зеленом поле непосредственно на панели фильтров.

Обратите внимание, что вы можете вернуться к предыдущим поискам, просто нажав кнопку «Назад».

Тропы поиска домена отображаются на панели истории поиска, причем самый последний поиск находится справа.И каждый узел в графе представляет определенный запрос. Вы также можете развернуть дисплей для просмотра ветвей, нажав кнопку «Развернуть» справа от дисплея.

Просто нажимайте стрелки вправо и влево на панели истории поиска, чтобы перемещаться вперед и назад по запросам, записанным в журнале. Щелчок по узлу истории возвращает этот запрос, заполняя все панели данных.

При наведении курсора на узел вызывается инструмент, который показывает дополнительные сведения о запросе и позволяет выделить или удалить узел.

Вы также можете заполнить другие панели данных, в том числе профиль домена и историю Whois, более подробной информацией о конкретном домене, просто щелкнув имя домена в таблице. Если вашему запросу соответствует только один домен, подробности отображаются по умолчанию.

В меню операций есть элементы управления фильтрами, но некоторые точки данных имеют дополнительные параметры, такие как инструменты, связанные с IP-адресами или инструменты, связанные с доменом, и показывают, сколько доменов в базе данных DomainTools соответствует выбранной точке данных.

Другой метод поиска в расширенных элементах управления позволяет даже найти набор доменов, содержащих определенную строку или ключевое слово. Это также позволяет вам отслеживать изменения и другие записи, относящиеся ко всей истории домена, который вы хотите использовать.

Кроме того, расширенные элементы управления позволяют объединять несколько фильтров для уточнения результатов определенного поиска, а также устанавливать параметры отображения данных, которые сохраняются при поиске.

Доступен довольно большой объем информации о домене, включая Whois, сервер имен, текущий статус регистратора и контактную информацию.

На самом деле все элементы, выделенные синим цветом, указывают на интересную опорную точку, которая сигнализирует аналитикам о наличии уникальных атрибутов, которые выглядят несколько ненормально.

Чтобы исследователи истории доменных имен с истекшим сроком действия на этом этапе могли углубиться и просмотреть оценки риска IP-адресов, связанных с проверяемым доменом.

1. 7 способов найти просроченные домены

2. Как найти просроченный домен с помощью DomCop

1. Поиск просроченных доменов онлайн

2. Дешевый хостинг для просроченных доменов

World Wide Web (WWW) становится общественным достоянием

30 апреля 1993 года, через четыре года после публикации предложения «идеи связанных информационных систем», ученый-компьютерщик Тим Бернерс-Ли опубликовал исходный код всемирной первый веб-браузер и редактор.Первоначально называвшийся Mesh, браузер, который он назвал WorldWideWeb, стал первым бесплатным и простым в использовании средством просмотра развивающейся информационной сети, которая превратилась в Интернет, каким мы его знаем сегодня.

ПОДРОБНЕЕ: Изобретение Интернета

Бернерс-Ли был научным сотрудником ЦЕРНа, исследовательской организации со штаб-квартирой в Швейцарии. Другие исследовательские институты, такие как Массачусетский технологический институт и Стэнфордский университет, разработали сложные системы для внутреннего обмена информацией, и Бернерс-Ли искал способ связать систему ЦЕРНа с другими.Он наметил план такой сети в 1989 году и разработал его в последующие годы. Компьютер, который он использовал, настольный компьютер NeXT, стал первым в мире интернет-сервером. Бернерс-Ли написал и опубликовал первую веб-страницу, упрощенную схему проекта WorldWideWeb, в 1991 году.

ЦЕРН начал делиться доступом с другими учреждениями и вскоре открыл его для широкой публики. Выпустив два года спустя исходный код проекта в общественное достояние, Бернерс-Ли, по сути, открыл доступ к проекту любому человеку в мире, сделав его бесплатным и (относительно) простым для изучения зарождающегося Интернета.

Простые веб-браузеры, такие как Mosaic, появились вскоре после этого, и вскоре Интернет стал самой популярной системой в своем роде. Всего за несколько лет изобретение Бернерса-Ли произвело революцию в обмене информацией и тем самым резко изменило способ общения людей. Создание и глобализация Интернета широко считается одним из самых трансформационных событий в истории человечества. По оценкам, в настоящее время Интернетом пользуются 4,39 миллиарда человек, включая вас, что составляет более половины населения мира.Сейчас средний американец проводит в сети 24 часа в неделю. Развитие Интернета стало самым большим расширением доступа к информации в истории человечества, привело к экспоненциальному росту общего объема данных в мире и способствовало распространению знаний, идей и социальных движений, что было немыслимо еще совсем недавно, во времена 1990-е годы.

ПОДРОБНЕЕ: Первый в мире веб-сайт 

Как проверить историю домена (не покупать до проверки)

Хотите проверить историю своего домена?

На этом ваши поиски заканчиваются.

В этом посте я расскажу, как проверить историю доменных имен, включая историю владения доменом.

Но прежде чем копаться в истории регистрации домена, попробуем вспомнить историю интернета.

После нескольких лет исследований и разработок, к концу 1990-х годов, возник огромный спрос на Интернет, что заставило Тима Бернерса-Ли , британского ученого, изобрести Всемирную паутину (WWW) в 1989 году.

В 1990 году он написал первый веб-браузер, который изначально был доступен для исследовательских институтов, а позже, в августе 1991 года, он стал доступен для широкой публики.

И это было время, когда начали работать коммерческие поставщики услуг.

Первоначально покупка доменного имени была совершенно бесплатной, но, учитывая экспоненциальный рост числа пользователей Интернета, потребовалась какая-то организация, чтобы должным образом управлять всем, что привело к созданию ICANN.

ICANN — это аббревиатура от Internet Corporation for Assigned Names and Numbers.

Это американская группа и некоммерческая организация, которая управляет всей базой данных пространств имен, а также числовыми пространствами Интернета.

Доменное имя и факты

Доменное имя — это адрес вашего веб-сайта.

Говоря простым языком, доменное имя — это имя вашего веб-сайта, которое люди вводят в адресную строку веб-браузера, чтобы открыть ваш веб-сайт.

Например: https://BloggersPassion.com

Это доменное имя моего веб-сайта.

Здесь https — это протокол передачи гипертекста

BloggersPassion — это доменное имя, а

.com — это расширение домена верхнего уровня (TLD).

Некоторые факты о доменном имени

На основе данных, собранных Verisign в конце первого квартала 2020 года

• Во всех TLD было зарегистрировано около 366,8 миллионов доменных имен.
• Более 160,7 миллионов доменов (43%) зарегистрированы только под расширениями .COM и Net.
• .COM — TLD №1 с 147,3 млн доменных имен.
• .tk (домен верхнего уровня с кодом страны для Токелау) с 25,1 млн доменов является ведущим нДВУ.
• Около 32,3 миллиона (8,8%) доменов зарегистрировано в ngTLD (новые общие домены верхнего уровня).

Зачем вам нужно проверять историю домена

Регистрация домена — это первый и главный шаг к созданию вашего веб-сайта, а затем следует веб-хостинг.

Чтобы зарегистрировать доменное имя, вы можете купить новый домен, домен с истекшим сроком действия или премиум-домен.

Домены с истекшим сроком действия — это домены, которые не были продлены их владельцами по каким-либо причинам.

И по любой причине, когда какой-либо пользователь не продлевает свой домен, регистратор выставляет домен на аукционы для продажи сразу после окончания льготного периода.

Премиум-домены — это зарегистрированные домены, которые все еще доступны для продажи по высоким ценам в зависимости от доменного имени, уровня интереса к покупке или количества органического трафика, который он получает.

Хотя покупка нового доменного имени занимает около 2 минут, перед покупкой рекомендуется проверить историю домена.

Теперь вам может быть интересно, почему вообще так важно проверять историю регистрации домена.

Вы знаете, что большинство людей покупают новое доменное имя, у которого вообще нет истории. Но вы никогда не знаете, доменное имя, которое вы собираетесь купить, может иметь свою историю.

Хотя покупка старого доменного имени выгодна, особенно с учетом рейтинга Google.

Старые доменные имена легче ранжировать по сравнению с новыми из-за их соответствующего авторитета домена.

Они могут помочь вам повысить эффективность ваших усилий по поисковой оптимизации.

При этом у доменов с истекшим сроком действия может быть плохая репутация. Некоторыми причинами могут быть спам-ссылки, штрафы Google, конфиденциальный контент, вредоносный код.

И если вы в конечном итоге купите такой домен, вам будет сложно ранжировать свой сайт в поисковой выдаче Google, и вы будете жалеть всю свою жизнь.

Таким образом, при покупке доменного имени следует учитывать как положительные, так и отрицательные стороны, и обязательно проверять историю домена, чтобы убедиться в том, что вы получаете, и не пожалеете впоследствии.

Лучшие инструменты для проверки истории доменных имен

Как вы уже поняли, почему важно проверять историю домена.

Представляем вам 7 инструментов, облегчающих вашу работу. Все инструменты бесплатные, кроме первого (DomainTools).

Итак, давайте начнем исследовать их один за другим.

1. Инструменты домена

— одна из самых надежных платформ для проверки истории домена.

Имея более чем 20-летний опыт работы в отрасли, они располагают наиболее полными данными об общих и национальных доменах верхнего уровня.

Они сохранили Whois и данные, связанные с хостингом, которые помогают вам просматривать историю владения доменом и заполнять исторические записи, такие как история хостинга, история IP-адресов и другая связанная информация DNS.

Кроме того, у них есть полный набор продуктов для корпоративной безопасности, таких как платформа Iris Investigation, оценка риска домена, интеграция API и PhishEye.

Они также включают продукты для мониторинга и исследования персональных доменов, что делает DomainTools комплексным решением для анализа угроз, судебной экспертизы и реагирования на инциденты, поиска угроз, обнаружения фишинга, защиты бренда и расследования онлайн-мошенничества.

DominTools содержит следующие продукты, относящиеся к личному поиску доменов.

Исследовательская продукция

• WHOIS к поиску
• История WHOIS
• Обратный WHOIS
• Обратный IP Просмотров
• Обратный IP WHOIS
• обратного IP-адреса
• Поиск домена
• Домен домен

Мониторинг продукты

• Brand Monitor
• Name Server Monitor
• IP Monitor
• Registrant Monitor
• Domain Monitor

Все услуги, включая историю Whois, в DomainTools являются платными.

Хотя вы можете выполнить поиск Whois бесплатно.

Все, что вам нужно, это открыть Whois Lookup, ввести доменное имя и нажать кнопку поиска.

Здесь я проверил запись Whois своего домена в блоге.

Он предоставит вам всю информацию о текущем владельце регистрации и регистраторе.

2. Машина обратного пути

Wayback Machine — невероятная услуга от организации Internet Archive.

Это некоммерческая организация, которая создает цифровую библиотеку всех сайтов в Интернете и других культурных артефактов.

Начав в 1996 году с архивирования самого Интернета, теперь эта организация располагает массивными данными миллиардов веб-страниц, книг и текстов, аудиозаписей (включая живые концерты), видео (включая телевизионные новостные программы), изображений и программ.

Являетесь ли вы исследователями, историками, учеными, людьми с ограниченными возможностями восприятия печатной информации или обычными людьми, это абсолютно бесплатная платформа для всех.

Любой желающий может зарегистрировать бесплатную учетную запись и загрузить соответствующие данные в архив.

Теперь, переходя к основному аспекту, как проверить историю домена, все, что вам нужно, это ввести URL-адрес сайта, для которого вы хотите проверить историю, и нажать кнопку «Просмотреть историю», и вы вернетесь в историю этого доменного имени.

Здесь я проверил историю домена BloggersPassion.com, и она вернула меня в 2010 год, когда я начал этот блог.
Выберите год, месяц и важный день в календаре и просто щелкните снимок, чтобы просмотреть историю домена.

Кроме того, вы можете использовать Коллекции, Изменения, Сводка и Карта сайта для обхода истории домена.

Посмотрите, как мой блог выглядел в 2015 году.

Разве это не удивительно?

Итак, начните использовать машину Internet Archive Wayback и проверьте историю домена.

3. Кто.есть

Who.is — еще одна платформа для проверки истории домена, включая информацию о владельце IP, а также десятки других статистических данных.

Вы также можете получить всю необходимую информацию, связанную с любым доменным именем, по запросу одним щелчком мыши.

Мощная организация данных, беспристрастная аналитика домена и отслеживание доменов у разных регистраторов — вот некоторые из основных функций Who.является.

Кроме того, вы можете передавать и покупать премиальные домены на name.com через Who.is.

Чтобы проверить информацию Whois о любом домене, вам нужно всего лишь ввести имя домена или IP-адрес в поле поиска.

После того, как вы нажмете значок поиска, вам будут представлены соответствующие записи Whois, которые включают информацию о регистраторе, важные даты, серверы имен, похожие домены и данные регистратора.

Кроме того, вы также можете проверять записи DNS и выполнять диагностику.

4.ХостерСтатс

HosterStats — еще одна бесплатная платформа для проверки статистики регистрации доменов и исторического охвата.

Он имеет огромную базу данных из более чем 600 миллионов доменов (активных и удаленных), включая большинство лучших доменов верхнего уровня.

Вы можете искать историю доменных имен с 2000 по 2019 год.

Введите доменное имя в поле поиска и просто нажмите кнопку поиска. Вам будет представлена ​​полная история домена вместе с текущим DNS для этого доменного имени.

Как вы можете видеть выше, я искал историю домена bloggerspassion.com и получил соответствующие результаты вместе с текущим сервером доменных имен.

Кроме того, вы также можете отслеживать статистику доменов по более чем 7 миллионам хостеров за период с 2000 по 2014 год.

Опять же, вам нужно будет ввести имя веб-хостинга в поле поиска, и вы получите подробное количество доменов.

Например, я проверил статистику домена для Bluehost и получил результаты, как показано ниже.

Я получил количество зарегистрированных доменов на основе разных TLD.

Таким образом, используя HosterStats, вы можете проверить историю отдельных доменов, а также статистику доменов любых веб-хостингов.

5. Нортон Сейф Веб

Norton Safe Web — это известная служба от NortonLifeLock, которая позволяет узнать, безопасно ли посещать сайт или нет.

Будучи пользователем Интернета, вы можете быть в курсе различных онлайн-угроз, таких как вирусы, фишинг, шпионское ПО и т. д.

Существуют тысячи хакеров и фишеров, которые работают круглосуточно и без выходных, чтобы украсть вашу личную информацию, что может привести к любому мошенничеству или даже к взлому веб-сайта.

Поэтому перед посещением любого веб-сайта должны быть предусмотрены некоторые средства, которые могут предотвратить все эти вредоносные действия.

Norton Safe Web превосходно справляется с этой задачей.

Вам нужно просто ввести адрес сайта в строку поиска, чтобы найти сайт и получить рейтинг.

И вам будет представлено, является ли введенное вами доменное имя безопасным или занесенным в черный список.

Таким образом вы можете проверить историю любого домена на наличие вредоносных программ и вредоносного кода.

Так что перед покупкой лучше убедиться в чистоте и безопасности домена, так как восстановить утраченную репутацию практически невозможно.

Кроме того, вы можете бесплатно воспользоваться двумя расширениями для Chrome (Norton Safe Search Extension, Norton Home Page Extension), чтобы сделать поиск в Google безопасным.

6. Запрос Whois

WhoIs request — еще один отличный инструмент для исследования домена, который поможет вам найти историю домена, а также историю владения доменом и другую ценную информацию.

И процесс проверки истории домена довольно прост.

Либо вы можете проверить поиск Whois или историю домена.

Чтобы выполнить поиск Whois, введите имя домена и нажмите кнопку «Перейти», и вам будут показаны полные сведения о доменном имени, как показано на изображении ниже.

Как вы можете видеть выше, вы узнаете о текущем регистраторе домена, организации регистранта, штате, стране, сервере имен и многом другом.

И чтобы проверить историю домена, сначала вам нужно открыть инструмент проверки истории домена, щелкнув «История домена» в правом углу главной страницы веб-сайта.

Затем введите доменное имя, нажмите кнопку «Получить историю», и вы будете поражены, увидев результаты.

Давайте посмотрим на результаты истории домена bloggerspassion.com.

Вы можете увидеть четкую историю домена для bloggerspassion.com

Так что поищите историю домена, прежде чем дорабатывать ее для себя.

Примечание. Вы можете отслеживать изменения сервера имен с 2002 года для всех доменов COM, NET, ORG, INFO, BIZ и US.

7. В DNS

IntoDNS — еще один фантастический инструмент, который вы можете использовать для проверки работоспособности DNS-сервера и почтового сервера.

Это очень простой инструмент с понятным интерфейсом. Все, что вам нужно, это ввести доменное имя и нажать кнопку «Отчет».

В течение доли секунды вам будет показан исчерпывающий отчет, содержащий массивные записи, связанные с состоянием домена и сайта, разделенные на 5 категорий (Родительский, NS, SOA, MX, WWW).

В отчете вы получите статус различных записей вместе с предложениями по улучшению и устранению проблем.
Итак, это одни из лучших инструментов и платформ для проверки истории домена.

Каждый инструмент, который я здесь включил, по-своему уникален.

Итак, начните использовать эти инструменты для проверки истории whois, истории владения доменом и многого другого.

Что читают другие:

Часто задаваемые вопросы об истории домена

Кто является владельцем доменного имени?

Регистрант — это физическое или юридическое лицо, которому принадлежит доменное имя. Всякий раз, когда вы покупаете доменное имя, вы должны зарегистрировать его на свое имя или название компании.Затем вы или название вашей компании становитесь регистрантом этого доменного имени.

Как узнать, кому принадлежит веб-сайт?

Вы можете использовать такую ​​платформу, как DomainTools и Whois Request, чтобы узнать, кому принадлежит веб-сайт.

Как проверить историю хостинга моего домена?

Domain Tools, Wayback Machine, Who.is, Hosterstat, Whois Request — одни из лучших инструментов для проверки истории домена.

Кому принадлежит домен .com?

.com — наиболее узнаваемый домен верхнего уровня (TLD), принадлежащий реестру VeriSign.

Что такое конфиденциальность домена?

Конфиденциальность домена — это услуга, предоставляемая регистраторами доменов и хостинг-провайдерами для защиты вашей конфиденциальной информации от широкой публики. Он заменит личные данные регистранта данными компании.

Последние мысли

Итак, это все связано с историей домена.

Я попытался упомянуть некоторые из лучших инструментов для проверки истории доменных имен.

Я также поделился кратким обзором доменных имен, а также рассказал, почему важно проверять историю доменных имен.

Надеюсь, вы нашли то, что искали.

Теперь ваша очередь использовать эти инструменты для проверки истории регистрации домена, прежде чем купить его для вас.

Остались вопросы по регистрации домена, пишите ниже.

И если вы найдете этот пост полезным, поделитесь им с друзьями и коллегами в социальных сетях.

Smithsonian публикует 2,8 миллиона изображений в общественное достояние | В Смитсоновском институте

Дуэт авторов и иллюстраторов Джон Сцешка и Стивен Вайнберг выпускают Как сделать коллагазавра, буклет с практическими рекомендациями, предлагающий детям превратить коллекции Смитсоновского института в новые формы искусства.Джон Шешка и Стивен Вайнберг

Знатоки культуры, возрадуйтесь: Смитсоновский институт приглашает мир к взаимодействию со своим огромным хранилищем ресурсов, как никогда раньше.

Впервые за свою 174-летнюю историю Смитсоновский институт опубликовал 2,8 миллиона двумерных и трехмерных изображений высокого разрешения из своих коллекций на онлайн-платформе с открытым доступом, которую посетители могут просматривать и бесплатно скачивать. Включая данные и материалы из всех 19 Смитсоновских музеев, девяти исследовательских центров, библиотек, архивов и Национального зоопарка, новое цифровое хранилище побуждает публику не только просматривать его содержимое, но и использовать, повторно использовать и преобразовывать его практически во что угодно — будь то открытка, кружка пива или шортики.

И этот гигантский массив данных — только начало. В течение оставшейся части 2020 года Смитсоновский институт выпустит еще около 200 000 изображений, и это число будет увеличиваться по мере того, как Институт продолжает оцифровывать свою коллекцию из 155 миллионов предметов, и их число продолжает расти.

«Быть ​​важным источником для людей, которые учатся во всем мире, является ключом к нашей миссии», — говорит Эффи Капсалис, которая возглавляет усилия в качестве старшего сотрудника по цифровым программам Смитсоновского института. «Мы не можем себе представить, что люди собираются делать с коллекциями.Мы готовы удивляться».

Запуск базы данных также знаменует собой последнюю победу растущих глобальных усилий по переносу музейных коллекций в общественное достояние. Почти 200 других учреждений по всему миру, в том числе амстердамский Рейксмузеум, нью-йоркский Метрополитен-музей и Чикагский институт искусств, в последние годы предприняли аналогичные шаги по оцифровке и освобождению своих шедевров. Но масштаб релиза Смитсоновского института «беспрецедентен» как по глубине, так и по широте, говорит Саймон Таннер, эксперт по цифровому культурному наследию из Королевского колледжа Лондона.

Охватывая искусство и гуманитарные науки, науку и технику, релиз собирает артефакты, образцы и наборы данных из множества областей на единой онлайн-платформе. Заслуживающие внимания дополнения включают портреты Покахонтас и Иды Б. Уэллс, изображения боксерского головного убора Мухаммеда Али и рекордного Lockheed Vega 5B Амелии Эрхарт, а также тысячи трехмерных моделей размером от миниатюрной орхидеи Embreea всего в несколько сантиметров. длина остатка сверхновой Кассиопеи А, по оценкам, около 29 световых лет в поперечнике.

«Масштаб этого междисциплинарного набора данных поражает», — говорит Таннер, который консультировал инициативу Смитсоновского института по открытому доступу. «Это открывает гораздо более широкий спектр контента, который пересекает науку и культуру, пространство и время, так, как ни одна другая коллекция не сделала или, возможно, даже не смогла бы это сделать. Это ошеломляющий вклад в человеческое знание».

До недавнего времени Смитсоновский институт был одним из тысяч музеев и культурных центров по всему миру, которые по-прежнему сохраняли за собой права на высококачественные цифровые версии своих произведений искусства, выпуская их только по запросу в личных или образовательных целях и запрещая коммерциализацию.Нежелание часто оправдано. Учреждения могут быть обязаны авторским правам, например, или опасаться, что передача контроля над определенными произведениями может привести к их эксплуатации или подделке, или запятнать их репутацию из-за чрезмерного использования.

Тем не менее, Капсалис считает, что преимущества публичного продвижения Смитсоновского института, согласующегося с новой цифровой стратегией Института, намного перевесят потенциальные недостатки. «Плохие актеры все равно будут делать плохие вещи», — говорит она. «Мы даем возможность хорошим актерам делать добро.

Одним из наиболее ощутимых преимуществ, по словам Таннера, является «массовое увеличение» масштабов взаимодействия общественности со Смитсоновским институтом — нечто такое, что будет поддерживать и повышать и без того значительный культурный авторитет организации для старой и новой аудитории, особенно по мере того, как контент просачивается на открытые платформы знаний, такие как Википедия. «Как только вы открываете коллекции, они преображаются», — говорит он.

Однако большая часть изменений произойдет далеко за стенами Смитсоновского института.Перечисленные под лицензией Creative Commons Zero (CC0), 2,8 миллиона изображений в новой базе данных теперь свободны от всех ограничений, авторских или иных, что позволяет любому, у кого есть приличное подключение к Интернету, использовать их в качестве исходных материалов и, в конечном итоге, участвовать в их создании. эволюция.

«Оцифровка знаний, хранящихся [в Смитсоновском институте], для доступа и повторного использования передает большую часть власти общественности», — говорит Андреа Уоллес, эксперт в области права культурного наследия в Эксетерском университете.Теперь люди могут свободно взаимодействовать с этими изображениями, говорит она, «в соответствии со своими собственными идеями, своими собственными параметрами, своим собственным вдохновением», совершенно свободно.

Чтобы продемонстрировать некоторые из бесчисленных побочных продуктов, которые могут быть получены при доступе к коллекциям, Смитсоновский институт пригласил художников, преподавателей и исследователей для ознакомления с архивами и представит некоторые из своих творений на мероприятии, посвященном запуску место этим вечером.

Художница Эми Карле представляет серию скульптур трицератопса Хэтчера, которому 66 миллионов лет, из Национального музея естественной истории.2020 Эми Карле, сотрудничество с SI

Среди них — серия скульптур художницы Эми Карле, изображающая трицератопса Хэтчера, которому 66 миллионов лет, из Национального музея естественной истории. Карле, которая специализируется на 3D-произведениях, подчеркивающих форму и функции тела, стремилась воплотить ископаемое в жизнь в эпоху, когда современные технологии сделали вымирание древних видов заманчивой возможностью. Шесть из девяти ее трехмерных печатных скульптур представляют собой замысловатые слепки позвоночника Хэтчера, каждая из которых слегка «ремиксирована» в духе биоинженерии.

«Очень важно делиться такими данными, — говорит Карле. «Иначе это как в библиотеке со всеми закрытыми дверями».

Также на палубе вечера прозвучат три песни, вдохновленные Смитсоновским институтом, созданные в сотрудничестве с базирующейся в Портленде некоммерческой организацией N. M. Bodecker Foundation, которая предлагает творческое наставничество местным студентам. Мы надеемся, что эти песни, написанные и записанные подопечными Бодекера, сделают колоссальную коллекцию в открытом доступе доступной, говорит гитарист Decemberists Крис Фанк, который управляет студией звукозаписи на территории Бодекер-билдинг и курировал создание песен.

«Вероятно, исторические личности не будут первым, что вы услышите в современной музыке», — говорит Фанк. Но творения его учеников привносят нотку современной поп-культуры в рассказы о выдающихся личностях, таких как Соломон Браун, первый афроамериканский сотрудник Смитсоновского института, и Мэри Генри, дочь первого секретаря Института Джозефа Генри.

Кроме того, дуэт авторов и иллюстраторов Джон Сцешка и Стивен Вайнберг представят Как сделать коллагазавра , буклет с практическими рекомендациями, предлагающий детям превратить коллекции Смитсоновского института в новые формы искусства.Этот подход перекликается с их детской книгой 2019 года « AstroNuts », в которой фигурируют забавные и красочные персонажи, собранные из изображений с запуска в открытом доступе Рейксмузеума в 2013 году.

В буклете основатель Смитсоновского института Джеймс Смитсон при поддержке группы AstroNuts знакомит читателя с созданием образца коллагазавра, собранного из музейных опор, которые сейчас находятся в общественном достоянии, включая руку Джорджа Вашингтона, хвост стегозавра и хвост Чарли Паркера. саксофон как слоновий нос.

«Стивен и я идеально для этого созданы», — говорит Шешка. «Мне нравится брать что-то, что есть у кого-то другого, и портить это». Цель, добавляет он, состоит в том, чтобы побудить детей делать то же самое и, возможно, даже научиться кое-чему по пути.

«Прогулка по музею — это один из способов увидеть произведение искусства», — говорит Вайнберг. «Когда дети делают свои собственные… вот тогда вы начинаете глубже погружаться в тему. У них будет действительно богатое знание произведений искусства.

В выпуске, охватывающем искусство и гуманитарные науки, науку и инженерию, собраны артефакты, образцы, наборы данных и портреты (вверху: Ида Б. Уэллс, автор Салли Э. Гаррити) из множества областей на единой онлайн-платформе. НПГ

Целый ряд исследований, скорее всего, будет процветать и в эпоху открытого доступа. В рамках одного партнерства с Google Смитсоновский институт применил алгоритмы машинного обучения к своим наборам данных, чтобы конкретизировать свой список выдающихся женщин, сформировавших историю науки — усилие, которому ранее помогал вклад общественности.

«Возможность увидеть предмет — это совсем другое, чем использовать его по-другому, — говорит Таннер. «Вы получаете инновации чаще и раньше, если знания, на которые полагаются люди, доступны открыто».

С более чем 150 миллионами дополнительных предметов в своих архивах, музеях, библиотеках и исследовательских центрах Смитсоновский институт представляет менее 2 процентов своих общих коллекций в этом первоначальном запуске. Большую часть остальных когда-нибудь может постичь та же участь. Но Капсалис подчеркивает существование важного подмножества, которое не станет кандидатом на общественное достояние в обозримом будущем, включая информацию о местоположении вымирающих видов, эксплуататорские изображения и артефакты из маргинализированных сообществ.Она объясняет, что в случае публикации подобные данные и материалы могут поставить под угрозу средства к существованию, ценности или даже выживание уязвимого населения.

«В прошлом люди не всегда относились к некоторым культурам с уважением, — говорит Капсалис. «Мы не чувствуем, что можем этически делиться [этими предметами] в открытом доступе». Прежде чем это можно будет даже обсуждать как возможность, добавляет она, необходимо сначала проконсультироваться с затронутыми сообществами и сделать их важной частью разговора.

Но Капсалис и другие сотрудники Смитсоновского института также подчеркивают важность предотвращения стирания.Многие из этих материалов останутся доступными для просмотра в музеях или даже в Интернете, но Смитсоновский институт сохранит ограничения на их использование. «Репрезентация может воодушевлять или лишать людей силы», — говорит Таина Карагол, куратор отдела живописи и скульптуры, а также латиноамериканского искусства и истории в Национальной портретной галерее. «Это может чтить кого-то или быть насмешкой. Мы не запрещаем доступ. Но некоторым вещам требуется больше контекста, и им нужен другой протокол для доступа к ним».

По словам Капсалиса, прежде всего инициатива по открытому доступу создает новые отношения между Смитсоновским институтом и его аудиторией по всему миру.Это означает, что доверие должно идти в обоих направлениях. Но в то же время запуск также представляет собой современную реконструкцию миссии Учреждения — «увеличение и распространение знаний», теперь адаптированных ко всему, что может предложить цифровая эпоха. Впервые посетители Смитсоновского института будут не просто наблюдателями, но участниками и соавторами его наследия.

«Смитсоновский институт — это наша национальная коллекция, народная коллекция», — говорит Фанк. «Что-то в этом есть. Для меня этот [запуск] — это высказывание Смитсоновского института: «Это ваша коллекция, которую вы можете брать и создавать».Это действительно придает сил».

Искусство Артефакты Национальный зоопарк Фотография Смитсоновские сады Смитсоновский институт Архивы Смитсоновского института Библиотеки Смитсоновского института

Рекомендуемые видео

История глубокой эволюции домена Phox и Bem1 (PB1) у эукариот

Идентификация и эволюция белков, содержащих домен PB1, в различных царствах

Animalia

геном человека из базы данных Uniprot.Было обнаружено, что девять семейств генов кодируют домены PB1 как часть их белковой архитектуры (рис. 1A). aPKC и M3K2/3 содержат домены PB1 и киназы на своих N- и C-концах соответственно, тогда как aPKC содержит дополнительный домен, связывающий диацилглицерин (kDAG) в середине. NCF2/p67 ^Phox и NCF4/p40 ^Phox оба содержат домены SRC Homology 3 (Sh4) и PB1 на С-конце, где NCF2 содержит тетратрикопептиды, а NCF4 содержит гомологичный домен Phox (PX) на их N-конце (рис. .1А). Три других семейства белков, Par6, TFG и p62/SQSTM1, как правило, короче, чем другие белки, содержащие домен PB1, с доменом PB1 на амино-конце. p62 содержит убиквитин-ассоциированный домен (UBA), тогда как Par6 содержит домен PSD95-Dlg1-Zo1 (PDZ) на карбокси-конце (рис. 1A). Полное имя или описание всех доменов вместе со ссылкой на базу данных доменов InterPro приведены в дополнительной таблице S1.

Рисунок 1

Доменная архитектура различных белков, содержащих домен PB1, в пяти царствах эукариот.Классы белков, содержащих PB1, обнаружены в Animalia ( A ), Protozoa ( B ), Chromista ( C ), Fungi ( D ) и Plantae ( E ). DBD в ( E ) представляет собой ДНК-связывающий домен, который представляет собой комбинацию как B3, так и домена димеризации (DD). Сокращения и соответствующая ссылка базы данных InterPro на все домены приведены в дополнительной таблице S1. Домены PB1, которые идентифицированы только в одной последовательности и/или в одном виде, представлены на дополнительном рис.С1.

Последовательности PB1 из всех вышеупомянутых белков использовались в качестве запросов для получения ортологов десяти видов из различных типов в Animalia (см. Дополнительный файл 3 для списка использованных видов). Все извлеченные ортологичные последовательности использовали в филогенетическом анализе вместе с соответствующими человеческими аналогами. Филогенез на основе домена PB1 отражал монофилию каждого семейства генов (рис. 2 и дополнительный рисунок S2). Домены PB1 M3K2-M3K3 и aPKC-M2K5 образуют паралогичные пары, что указывает на общее происхождение PB1 для каждой пары при возникновении царства Animalia.Интересно, что паралогичные пары доменов PB1 M3K2-M3K3 и aPKC-M2K5 ближе к соответствующим ортологам из других царств, чем другие домены PB1 в том же царстве, Animalia. Аналогичная тенденция наблюдается с NBR1, однако неожиданно NCF2/p67 ^Phox помещается как сестринская клада по отношению к NBR1. p62 не демонстрирует какой-либо тесной связи с другими доменами PB1, ни паралогичными, ни ортологичными, из того же царства или других царств (рис. 2 и дополнительный рисунок S2).Аналогичным образом Par6 и TFG также, по-видимому, являются специфическими для Animalia кладами (рис. 2 и 3A, B).

Рисунок 2

Неукорененное дерево с репрезентативными доменами Fungi, Animalia и Plantae PB1. Ранние ветки с хорошей поддержкой (бутстрап> 75) обозначены серым цветом. Ортологи из каждого царства представлены каждым цветом, как указано: Fungi — «оранжевым», Animalia — «фиолетовым» и Plantae — «зеленым». Группы, обведенные пунктирными линиями, обозначенные как LECA-1, LECA-2 и LECA-3, представляют собой вероятные наследственные копии в LECA, соответствующие группам киназы, Phox и NBR1 соответственно.Другое филогенетическое дерево со всеми пятью царствами представлено на дополнительном рисунке S2 в виде схемы. Полная версия с названиями таксонов и информацией о доменах обоих деревьев доступна как дополнительные файлы 1 и 2, а также их можно найти на iTOL: https://itol.embl.de/shared/dolfweijers.

Рисунок 3

Краткое описание различных белков, содержащих домен PB1, в различных филогенетических группах. ( A ) Резюме присутствия или отсутствия различных белков, содержащих домен PB1, в нескольких филогенетических группах различных королевств.( B ) Закрашенные и пустые кружки обозначают наличие и отсутствие, соответственно, ортологичных генов для семейства, упомянутого вверху, у соответствующего вида.

Protozoa

Из UniProt для идентификации доменов PB1 использовались не менее шести эталонных протеомов и других отдельных последовательностей простейших различных видов Apusozoa, Amoebozoa и Excavata (дополнительный файл 3). Было идентифицировано несколько белков, содержащих домен PB1, наряду с большим количеством частичных (или укороченных) белков либо только с доменом PB1, либо с большой неизвестной фланкирующей последовательностью (рис.1 и дополнительный рисунок S1). Среди (полноразмерных) белков, содержащих домен PB1, были идентифицированы ортологи Animalia M3K2/3, а также Plantae Phox, названные киназой и Phox соответственно (рис. 1B и дополнительная рис. S2). В отличие от животных, киназы простейших содержат повторы WD40 на С-конце. Более того, домен PB1 также примыкает к домену киназы (рис. 1B). Также были обнаружены ортологи белка NBR1 со всеми четырьмя (известными) доменами, а также последовательности различных комбинаций доменов, т.е.е. либо PB1 с Zn-пальцем ZZ-типа, с центральным доменом NBR1, либо с доменами, связанными с UBiquitin (UBA) (рис. 1). Мы также идентифицировали множество белков, содержащих домен PB1, либо связанных со стерильным альфа-мотивом (SAM), Per-Arnt-Sim (PAS), EF-hand или доменом цистатионин-бета-синтазы (CBS) (дополнительный рисунок. S1). Однако большинство из них идентифицируются только в одной последовательности или одном виде, а также представлены полифилетическими группами, разбросанными по филогенетическому дереву, что затрудняет их классификацию в определенную кладу (дополнительный рис.С2).

Chromista

Для идентификации доменов PB1 в Chromista, т.е. группе SAR (Stramenopila, Alveolata и Rhizaria) и Cryptophyta, были использованы все транскриптомы из базы данных MMETSP (дополнительный файл 3). Хорошо аннотированные последовательности PB1 грибов (Bem1 и Cdc24), растений ( Arabidopsis и Marchantia ) и животных (человека и мыши) использовались для запроса базы данных и обработки данных с помощью конвейера, разработанного ранее ³¹ . У Chromista были идентифицированы два семейства генов, Kinase и NBR1, с аналогичной архитектурой доменов, которые являются ортологичными соответствующим семействам генов у Animalia (рис.1C и дополнительный рисунок S2). Интересно, что, как и белки киназ Protozoan, они несут повторы WD40. Однако домен PB1 расположен далеко к N-концу, как у Plantae и Animalia (рис. 1C). Ортологи NBR1 идентифицируются как множественные (частичные) белки, представленные в полифилетических группах, подобно простейшим (дополнительный рисунок S2). Однако в качестве третьего семейства генов мы идентифицировали белки, содержащие домен CBS, где домен PB1 связан с их карбокси-концом (рис.1С). Несколько других белков домена PB1 были идентифицированы как единичные копии только у одного вида, которые содержат либо повтор тетратрикопептида (TPR), либо домен EF-hand, которые также были представлены в полифилетических группах (рис. S1 и дополнительный рисунок. S2).

Грибы

Для грибов мы выбрали 12 эталонных протеомов из базы данных MycoCosm (дополнительный файл 3). Хорошо аннотированные последовательности PB1 растений и животных использовали в качестве последовательностей запросов. Были идентифицированы четыре семейства белков, содержащих домен PB1 (рис.1Д). Широко известные Bem1 и Cdc24 были идентифицированы в нашем исследовании как монофилетическая паралогичная пара (рис. 2). Наряду с доменом PB1 Bem1 содержит домены Sh4 и PX, тогда как Cdc24 содержит домены гомологии Dbl (DH) и гомологии плекстрина (PH). Интересно, что NCF4/p40 ^Phox , животный ортолог Bem1, содержит домен PX на своем N-конце, а не посередине, как у Bem1 (рис. 1D). Также были идентифицированы белки, содержащие домен CBS (обозначенные как Mug70), с такой же архитектурой домена, как и в других королевствах (рис.1Д). Кроме того, NoxR, ортолог Animalia и Plantae Phox, также был идентифицирован как сестринская клада этой пары (рис. 2 и дополнительная рис. S2).

Таким образом, все четыре семейства генов образуют соответствующую индивидуальную монофилетическую группу со всеми паралогами, что указывает на их присутствие в основных типах грибов (рис. 2 и 3B). Стоит отметить, что были идентифицированы ортолог p62 и домен PB1, связанный с доменом SAM. Однако каждый из них был обнаружен только у одного вида и в единственном экземпляре (дополнительный рис.С1). Следовательно, мы отбросили их для дальнейшего анализа, поскольку они считаются малонадежными и могут не представлять какой-либо тип или само царство.

Plantae

Чтобы идентифицировать все домены PB1 в царстве Plantae (рис. 1E), мы адаптировали аналогичный конвейер, как указано выше ³¹ , используя 485 транскриптомов, принадлежащих к нескольким типам в царстве Plantae, из База данных OneKP ³³ (дополнительный файл 3). Мы идентифицировали восемь семейств генов, которые кодируют белки, содержащие домен PB1, в растениях (рис.1Е). Среди них ортологи NBR1 и киназы помещены в ту же кладу, что и их аналоги из других царств, а также содержат ту же архитектуру домена, что и их ортологи животных (рис. 1E и 2). Семейства ARF и Aux/IAA образуют отдельную монофилетическую кладу, указывающую на общее происхождение в основе стрептофитов. ARF содержат домены B3 и димеризации (вместе называемые ДНК-связывающим доменом (DBD)) на N-конце и домен PB1 на C-конце, как и Aux/IAA. Помимо домена PB1, Aux/IAA также содержат мотив EAR и мотив degron (домены I и II соответственно; рис.1Е). Белки Phox, имеющие те же домены, что и аналоги животных, образуют сестринскую кладу по отношению к соответствующим ортологичным белкам из других царств (рис. 2). Белки, содержащие домен CBS, также были идентифицированы в растениях, помещенных в ту же кладу, что и гриб Mug70.

Производные киназы, ARF, Aux/IAA и NLP представляют собой специфичные для растений семейства, которые не идентифицированы ни в одном другом царстве (рис. 3A). Все эти специфичные для растений семейства генов были обнаружены ранее, за исключением производных киназы, которые имеют только домен PB1 на своем N-конце с большой фланкирующей последовательностью без каких-либо известных доменов.Стоит отметить, что домены PB1, полученные из киназы, напоминают домены PB1 киназы и, по-видимому, были продублированы у предков покрытосеменных растений (рис. 2 и 3B). NLP содержат домен RWP-RK, связанный с доменом PB1, и они помещены как сестринская клада по отношению к белкам, содержащим домен CBS (рис. 1E и 2). Интересно, что среди всех семейств, идентифицированных до сих пор во всех королевствах, по-видимому, не существует каких-либо ограничений ни в отношении положения домена PB1 в белке, ни в отношении категории доменов, с которыми он связан (связывание ДНК, олигомеризация, фосфорилирование). и т.п.; Рисунок 1). Обзор всех идентифицированных семейств генов и их существования у основных видов в царствах Animalia, Fungi и Plantae представлен на рис. 3.

Номер копии предков в LECA

Домены PB1 в пяти царствах эукариот, два филогенетических дерева были построены с использованием только белковых последовательностей домена PB1. Один основан на доменах PB1 только из трех царств (Animalia, Fungi и Plantae; рис.2), тогда как другой построен на основе всех последовательностей из пяти царств (дополнительный рис. S2). Подробные версии обоих филогенетических деревьев доступны онлайн на веб-сервере iTOL: https://itol.embl.de/shared/dolfweijers. Все ранее упомянутые пары, которые образуют монофилетические группы отдельных семейств в каждом царстве, хорошо поддерживаются хорошими значениями начальной загрузки (> 75), особенно у Fungi, Animalia и Plantae (рис. 2). Ветви, представляющие домены PB1 у Apusozoa, Amoebozoa, Excavata, группы SAR и Cryptophyta, крайне ненадежны из-за полифилетического характера и их случайного распределения по филогенетическому дереву (рис.С2). В целом, недавно возникшие клады в филогенезе, которые специфичны либо для семейства генов, либо для царства, обычно носят монофилетический характер. Мы наблюдали уменьшение поддержки начальной загрузки ранних ветвей в филогении на основе всех пяти царств (дополнительный рисунок S2; https://itol.embl.de/shared/dolfweijers). Монофилетическая группировка, а также присутствие в нескольких царствах подтверждают представление о том, что должны были существовать по крайней мере две общие предковые копии доменов PB1, каждая из которых соответствует ортологам киназ и фоксов у эукариот.Несмотря на то, что домены NBR1 PB1 Plantae вместе с ортологами животных (и подобными белками p62) не являются монофилетическими по происхождению, они все же занимают место в филогении как сестринские клады (рис. 2). Такое распределение ортологов из разных царств намекает на третьего общего предка PB1 в LECA. Этот анализ не смог предсказать порядок эволюции из-за отсутствия достаточного филогенетического сигнала из-за плохой консервативности последовательностей, относительно небольшого домена (в целом) и плохой начальной загрузки в ранних ветвях дерева со всеми пятью царствами.Использование последовательностей внешней группы бактерий не могло улучшить разрешение, что приводило к смешению филогении вместе с последовательностями внутренней группы. Следовательно, внешняя группа не использовалась, и дерево не укоренено. Из-за этих недостатков это исследование не могло определить порядок событий, но могло предсказать количество копий в LECA, основываясь как на монофилетической природе групп киназы и фокса, так и на наличии ортологичных сестринских клад NBR1 во многих царствах.

(Не)сходства в доменах PB1 растений

После идентификации большинства, если не всех, белков, содержащих домен PB1, и понимания моделей их эволюции в основных типах во всех пяти царствах эукариот, мы продолжили исследование PB1 растений. домены в деталях на уровне аминокислот.Для этого мы собрали последовательности доменов PB1 из четырех наземных растений с полногеномным секвенированием, по одному виду из печеночников ( Marchantia polymorpha ), мхов ( Physcomitrella patens ), базальных покрытосеменных растений ( Amborella trichopoda ) и сердцевины. эвдикот ( Arabidopsis thaliana ). Все белковые последовательности домена PB1, принадлежащие восьми семействам, были выровнены, и для каждого семейства был получен индивидуальный логотип последовательности (рис. 4). Хорошо консервативными остатками (группой) в большинстве семейств являются положительные остатки лизина (К) в β1 и аргинина (R) в β2, которые вместе представляют положительную поверхность.Однако лизин β1, который вступает в контакт с мотивом OPCA на негативной поверхности другого PB1, не сохраняется в доменах PB1 киназы и производных киназы, что указывает на то, что это могут быть домены PB1 типа 1 только с консервативной негативной поверхностью. Рис. 4).

Рисунок 4

Логотипы последовательностей на основе выравнивания доменов PB1 репрезентативных наземных растений ( Marchantia , Physco , Amborella и Arabidopsis ). Вторичные структуры (α-спирали и β-листы), представленные вверху, основаны на структуре ARF5 (идентификатор PDB: 4CHK).Числа, представленные в фигурных скобках рядом с названием семейства генов, показывают количество последовательностей, присутствующих во всех этих четырех видах вместе, а также количество последовательностей, используемых для этого конкретного логотипа выравнивания. Аминокислоты окрашены в соответствии с группой: «PAGFLIMV», «KRH» и «DE» показаны «фиолетовым», «синим» и «красным» цветами соответственно. Все остальные аминокислоты показаны «черным». Звездочки внизу представляют собой ключевые остатки на положительной (синяя) и отрицательной (красная) сторонах, соответствующие лизину и мотиву OPCA (ядро D-x-D/E-x-D/E) соответственно.

В целом, отрицательная сторона, представленная мотивом OPCA, относительно хорошо консервативна во всех семействах генов, несмотря на сильную консервативность трех аминокислот (QLP) непосредственно перед мотивом OPCA в доменах киназы и PB1, полученных из киназы (рис. . 4). Интересно, что тирозин (Y) в β3 относительно хорошо консервативен во всех семействах генов. Помимо этих обычно консервативных остатков во многих семействах, существуют различные отдельные аминокислоты, которые специфически консервативны в каждом семействе генов.Например, тирозин (Y) и фенилаланин (F) в α1, глицин (G) в β4 и фенилаланин (F) в α2 специфичны для доменов ARF и Aux/IAA PB1. Аналогичным образом два фенилаланина (F) внутри и перед β1 и мотив G-x-L-x-L-x-L в β5 специфичны для доменов PB1, связанных с доменами CBS (рис. 4). Триптофан (W) в β4 специфичен для НЛП. Несмотря на то, что NBR1 является геном с единственной копией в царстве Plantae, кажется, что нет никаких ограничений для самого домена, поскольку среди них идентичность менее 20%.Это обеспечивает базовое понимание ослабленного эволюционного давления в домене PB1, предоставляя возможности для многих изменений, специфичных для семейства генов. Это затрудняет не только предсказание общих паттернов последовательностей, которые важны для функции, но также и оценку свойств доменов, характерных для каждого семейства, исключительно на основе первичной последовательности и ее плохо консервативных аминокислот.

Классификация с использованием случайных лесов

Поскольку в доменах PB1 нет четких паттернов, отличающих белок, к которому он принадлежит, и поскольку также невозможно идентифицировать важные особенности конкретного домена PB1 на основе выравнивания последовательностей, можно обнаруживать закономерности на основе состава вторичной структуры наряду со свойствами аминокислот.Классификация на основе случайного леса (RF) была выполнена с 28 дескрипторами аминокислот в качестве переменных. После бутстрап-агрегации (упаковки) всех деревьев решений из RF средняя частота ошибок вне пакета (OOB) составляет всего 6%, что указывает на высокую надежность модели RF (рис. 5). Частота ошибок классификации является самой высокой (~ 14%) для производных от киназы и наименьшей (~ 2%) для доменов ARF PB1 (рис. 5A и дополнительная таблица S3). В среднем большинство семейств PB1 разрешились хорошо, что указывает на высокую надежность классификации с использованием этих дескрипторов.

Рисунок 5

Случайная лесная (RF) классификация растений семейства PB1. ( A ) Сообщается о средней частоте ошибок вне упаковки (OOB) в размере 6% для классификации восьми семейств растений PB1 с индивидуальной ошибкой классификации в %, как показано на гистограмме ( B ) Графики важности 10 наиболее важных дескрипторы (переменные). Прогностическая ценность каждой переменной была выражена как среднее снижение точности (черные точки со шкалой внизу) и среднее снижение индекса Джини (синие точки вверху), расположенные от наиболее важных (вверху) до менее важных (внизу) переменных. .( C ) Скрипичные графики, показывающие фактическое распределение трех наиболее важных переменных в восьми семьях. Состав пролина указан в процентах, а длина представляет собой количество аминокислот в домене PB1.

Важность каждой переменной оценивается через среднее снижение точности (MDA) и среднее снижение индекса Джини (MDG). Более высокие значения как MDA, так и MDG указывают на наиболее важные переменные. В этом случае 10 самых важных переменных показаны на рис.5B, где mHbeta является наиболее важной переменной для дифференциации различных классов доменов PB1. Гидрофобный момент β-слоев, mHbeta, указывает на силу периодичности гидрофобности β-слоев, а также указывает на образование большего количества β-слоев (Eisenberg 1984). Следующими по важности переменными являются состав пролина (P) и длина домена PB1 (рис. 5B). Далее мы проанализировали, как эти три важные переменные различаются между семействами генов (рис. 5C). mHbeta низкий для ARF и Aux/IAA, немного выше для Phox, но еще выше для остальных генных семейств.С другой стороны, состав пролина самый низкий в CBS, но показывает очень широкое распространение в семействе производных киназ. Однако длина домена PB1 сильно ограничена для большинства семейств (>90 для NBR1 и <90 для ARF), за исключением Aux/IAA и производных киназы, и в определенной степени для Phox (рис. 5C). . Чтобы сопоставить вклад mHbeta в β-листы во вторичной структуре, мы провели моделирование гомологии по крайней мере одного случайно выбранного ортолога Arabidopsis для каждого семейства белков, и мы действительно обнаружили, что более высокий mHbeta представляет вторичные структуры с большим количеством β-листов (рис.6). Например, IAA17 показывает ~ 18% остатков в β-листах, тогда как CBS36500 имеет ~ 34%, что коррелирует с более низкими и более высокими значениями mHbeta, наблюдаемыми для Aux / IAA и CBS PB1, соответственно (рис. 6 и дополнительный рисунок. S3) . Взятые вместе, эти результаты ясно указывают на то, что существует разница между семействами генов, которая может быть объяснена mHbeta, составом пролина и сохранением уникальной/ограниченной длины для этого соответствующего семейства.

Рисунок 6

Репрезентативная структура модели гомологии домена PB1 от одного члена из каждого семейства в арабидопсисе.Идентификаторы: ARF5 (PDB: 4CHK), IAA17 (PDB: 2MUK), At2G36500 (CBS), At1G04700 (киназа), At2G01190 (производное киназы), NBR1, NLP9 и Phox2. ( A ) Вторичные структуры показаны разными цветами: α-спирали в «голубом»; β-листы окрашены в «красный» и превращаются в «фиолетовый». Поверхностное представление положительной и отрицательной граней показано на ( B , C ) соответственно.

No related posts.